De Gezondheidsdienst voor Dieren heeft nader onderzoek gedaan naar wildtypestammen van eerdere uitbraken waarbij veertien pluimveekoppers met infectieuze laryngotracheïtis (ILT) wildtypevirus besmet raakten.
De GD heeft sequentieanalyse uitgevoerd op twaalf monsters van de recente ILT-uitbraken. Elf monsters waren afkomstig van commercieel pluimvee en één monster van hobbymatig gehouden kippen. Van vier monsters lukte het om een compleet genoom (volledige genetische samenstelling van het virus) in beeld te krijgen. Van twee andere monsters was het genoom nagenoeg compleet beschikbaar, waardoor de GD toch nog beperkte analyses konden doen. Van de overige zes monsters was minder van het genoom beschikbaar, waardoor slechts heel beperkt uitspraken gedaan kunnen worden.
De vier complete genomen vertoonden grote onderlinge overeenkomsten. Een van de twee niet volledig complete genomen, maar wel voldoende om te analyseren, was afkomstig van hobbymatig gehouden kippen. Dit genoom was duidelijk te benoemen als ILT-wildtype, maar liet verschillen zien ten opzichte van de andere genomen uit de recente uitbraken bij commercieel pluimvee. Het is daarom niet aannemelijk dat er een link was tussen dit geval bij hobbymatig pluimvee en de uitbraken bij commercieel pluimvee.
In 2018 zijn monsters van ILT-uitbraken gesequencet, wat destijds onder andere heeft geleid tot de ontwikkeling van de differentiërende-PCR (PCR die onderscheid kan maken tussen veldstammen en vaccinstammen). Deze monsters zijn meegenomen in de analyse. De monsters van de huidige uitbraken bij commercieel pluimvee waren duidelijk anders dan de wildtype-ILT-stammen die in 2018 zijn onderzocht.
Voorlopige conclusie
In ieder geval vijf van de uitbraken bij commercieel pluimvee hebben een epidemiologische link op basis van de analyse van het genetisch materiaal. De stam van het hobbymatig gehouden pluimvee is niet verwant aan de stammen van uitbraken bij het commercieel gehouden pluimvee. De recente ILT-stammen zijn niet verwant aan de stammen van uitbraken die in 2018 zijn gesequencet. Het onderscheid tussen vaccin-like stammen en wildtype-stammen blijft duidelijk op basis van het gehele genoom en de ILT-SNP-typering-PCR van GD (de differentiërende-PCR).